Le principe de désinfection de l'hypochlorite de sodium comprend principalement trois aspects :
L'acide hypochloreux se forme par hydrolyse et se décompose pour former du nouvel oxygène écologique. La forte propriété oxydante du nouvel oxygène écologique dénature les substances telles que les protéines des bactéries et des virus, tuant ainsi les micro-organismes pathogènes.
L'acide hypochloreux peut pénétrer dans les bactéries (virus) et réagir avec les polymères organiques tels que les protéines bactériennes (virales), les acides nucléiques et les enzymes, tuant ainsi les micro-organismes pathogènes.
Les ions chlorure produits par l’acide hypochloreux peuvent modifier considérablement la pression osmotique des bactéries et des virus, provoquant la perte d’activité et la mort de leurs cellules.